ในโลกของมาโดกะ มีสิ่งมีชีวิตลึกลับที่สามารถทำตามความปรารถนาของเด็กสาวที่ได้รับการคัดเลือกได้ อย่างไรก็ตาม เพื่อแลกกับความปรารถนาของพวกเขา เด็กผู้หญิงเหล่านี้จะต้องกลายเป็นสาวน้อยเวทมนตร์ที่ใช้พลังของพวกเขาเพื่อต่อสู้กับแม่มด - สิ่งมีชีวิตขนาดมหึมาที่เกิดจากคำสาปที่นำไปสู่การเสียชีวิตและการฆ่าตัวตายโดยไม่ทราบสาเหตุ คานาเมะ มาโดกะ นักเรียนปีสองและเพื่อนของเธอ มิกิ ซายากะ ได้พบกับคิวเบย์ สิ่งมีชีวิตลึกลับ เช่นเดียวกับโทโมเอะ มามิ สาวน้อยเวทมนตร์ที่ทั้งคู่กระตุ้นให้มาโดกะสวมเสื้อคลุมของสาวน้อยเวทมนตร์ แม้ว่าความพยายามของสาวน้อยเวทมนตร์อีกคนชื่อ Akemi Homura ที่จะห้ามเธอ แต่ในไม่ช้า Madoka ก็ค้นพบว่าชีวิตของสาวน้อยเวทมนตร์มีความลับและความรับผิดชอบมากกว่าที่เธอเคยจินตนาการไว้