นาโนฮะ สาวน้อยเวทมนตร์อาศัยอยู่ที่เอลเทรียกับลูกสาวสองคนของเธอ อามิตี้และคิริเอะ แต่โลกนี้กลับแห้งแล้ง อย่างไรก็ตาม พวกเขายังคงหวังว่าสักวันหนึ่ง Eltria จะฟื้นขึ้นมา น่าเสียดายที่ Granz พ่อของครอบครัวล้มป่วย และความปรารถนาของ Kirie ที่จะฟื้นฟูโลกของพวกเขาก็ถูกขัดขวาง ด้วยความสิ้นหวังในการขอความช่วยเหลือ เธอจึงเดินทางไปญี่ปุ่นเพื่อขอความช่วยเหลือจากไอริส เพื่อนสมัยเด็กของเธอ ซึ่งอาศัยอยู่ในมิติที่แตกต่าง เมื่อมาถึงญี่ปุ่น พวกเขาหยุดค้นหาวิธีแก้ปัญหาเพื่อช่วยโลกและตามหาทาคามาจิ นาโนฮะ, เฟท ที. ฮาร์ลาโอน และยางามิ ฮายาเตะแทน นี่เป็นจุดเริ่มต้นของการเผชิญหน้ากัน