Medaka Box ติดตามเรื่องราวของ Medaka เด็กสาวที่แข็งแกร่งอย่างน่าทึ่งของโรงเรียน Hanokiwa ซึ่งในที่สุดก็ได้เป็นประธานนักเรียน ภายใต้การนำของเธอ มีการนำเสนอแนวคิดเชิงนวัตกรรม: กล่องที่รับข้อร้องเรียนทุกวันตลอดทั้งปี ตลอดเวลา โดยที่ Medaka และทีมสมาชิกคณะกรรมการนักเรียนของเธอพร้อมที่จะเสนอแนวทางแก้ไขได้ตลอดเวลา อย่างไรก็ตาม การดำรงอยู่อย่างสงบสุขของพวกเขาต้องหยุดชะงักลงเมื่อพวกเขาถูกบังคับให้เข้าร่วมการต่อสู้ที่เกิดขึ้นภายในโรงเรียน