หลังจากการสูญเสียผู้นำในช่วงกบฏซีออน สาธารณรัฐซีออนก็ตกอยู่ในความเสี่ยง อย่างไรก็ตาม ความหวังอันริบหรี่ปรากฏขึ้นเมื่อ Shar Aznable หรือที่รู้จักกันในชื่อ Casval Lem Daikun ทายาทโดยชอบธรรมของ Zeon ขึ้นรับหน้าที่เป็นผู้นำ กองทัพ Neo Zeon เปิดฉากการรุกรานโลกอีกครั้ง โดยมีแผนจะทิ้ง Luna V ซึ่งเป็นสถานีอวกาศที่เคยใช้สร้างอาณานิคม ลงบนฐานทัพทหารของโลก หน่วยลอนโด เบลล์ ซึ่งเป็นสาขาอิสระของกองทัพโลกที่ประจำการอยู่ในลาซา ทิเบต ได้รับมอบหมายให้ขัดขวางการโจมตีครั้งนี้ หน่วยนี้ประกอบด้วย Amuro Ray คู่แข่งของ Char จากสงครามหนึ่งปี ผู้มีบทบาทสำคัญในการได้รับชัยชนะให้กับกองกำลังพันธมิตร และตระหนักถึงแผนการชั่วร้ายของ Shar อามุโระต้องผนึกกำลังกับไบรท์ โนอา อดีตกัปตันฐานทัพขาวในช่วงสงครามหนึ่งปี เพื่อป้องกันไม่ให้แผนสำเร็จ รวมถึงการตัดสินใจขั้นสุดท้ายเกี่ยวกับชะตากรรมของชาร์