เรื่องราวเกิดขึ้นหลังสงครามครั้งก่อนระหว่าง Earth Army และ Zaft Army เมื่อประเทศที่เป็นกลางอย่าง Orb ถูกโจมตีโดย Earth Army เพื่อซื้อโรงงานโมบิลสูท โรงงานจะผลิตโมบิลสูทเพื่อใช้ต่อสู้กับกองทัพซัฟท์ โดยใช้เทคโนโลยีของออร์บ ตัวละครหลัก ชิน อาซึกะ ได้รับผลกระทบจากสงครามเป็นการส่วนตัวและสูญเสียครอบครัวอันเป็นที่รักของเขาไป ต่อมา เขาย้ายไปที่ Plant และได้รับเลือกให้ขับหุ่นกันดั้มรุ่นใหม่ของ Saft นั่นคือ Impulse Gundam อย่างไรก็ตาม เนื่องจากสถานการณ์ที่ไม่คาดฝัน เขาจึงพัวพันกับสงครามครั้งใหม่ที่เกิดจากการโจมตีของหน่วยงานลับ Blue Cosmos นำโดยพันเอกนีโอ ลอร์นอร์ก พวกเขาขโมยกันดั้มใหม่ของ Saft ไปสามตัว ได้แก่ Chaos Gundam, Gaia Gundam และ Abyss Gundam ในช่วงเวลานี้ Athrun, Sala และ Kagari ก็อยู่ที่โรงงานด้วย ทำให้พวกเขาเข้าไปพัวพันในสงครามอีกครั้งที่กำลังจะตามมา แม้ว่าผู้ประสานงานจะล่วงละเมิดในอดีต พวกเขายังคงยึดมั่นต่อวิสัยทัศน์ของแพทริค ซารา สิ่งนี้ทำให้พวกเขาส่ง JUNIUS SEVEN มายังโลก แม้ว่าหน่วยประสานงานลับจะพยายามเอาชีวิตของ Lux Klein ก็ตาม การตัดสินใจของ Ki ส่งผลให้ Ra และ Athrun เป็นฝ่ายตรงข้ามกัน แม้ว่าจะมีเป้าหมายเดียวกันก็ตาม สถานการณ์แย่ลงไปอีกเมื่อ Blue Cosmos มีส่วนร่วมในความขัดแย้งและ Orb ก็เข้าร่วมกองกำลังกับพวกเขา สหพันธ์แอตแลนติกก็พัวพันในสงครามเช่นกัน