เปลวไฟแห่งสงครามที่เริ่มต้นขึ้นในที่สุดก็มอดลงหลังจากผ่านไป 11 เดือน โดยฝ่าย Plant ได้รับชัยชนะในหลายภูมิภาคทั่วโลก หลังจากสิ้นสุดความขัดแย้ง เรื่องราวต่างๆ ก็เริ่มปรากฏ โครงเรื่องมีศูนย์กลางอยู่ที่คิระ ยามาโตะ ตัวละครเอกของการเล่าเรื่องนี้ ซึ่งเป็นลูกศิษย์ของวิศวกรรมหุ่นยนต์ในเฮลิโอโปลิส ซึ่งเป็นอาณานิคมออร์บที่เป็นกลาง ที่ซึ่งชีวิตในโรงเรียนดำเนินไปอย่างเงียบสงบ อย่างไรก็ตาม อาณานิคมถูกโจมตีโดยฝ่าย Zaft ซึ่งนำโดยพันเอก Kruse หลังจากค้นพบว่า Orb กำลังร่วมมือกับ Earth Federation ในการออกแบบโมบิลสูทและเครื่องบินรบใหม่ภายในโรงงานหลักของ Morgenrat (Morgenroete) Zaft ก็ออกเดินทางเพื่อจับโมบิลสูททั้งห้าตัว (Strike, Duel, Buster, Aegis และ Blitz) ด้วย ยกเว้นอันสุดท้ายที่คิระได้รับมาโดยไม่ได้ตั้งใจ เมื่อคิระต่อสู้กับโมบิลสูทอีกสี่ตัว ยูนิตของเขาซึ่งมีชื่อว่าสไตรค์ ได้ถูกเปลี่ยนชื่อเป็น "กันดั้ม" โดยตัวคิระเอง โดยอิงตามตัวอักษรนำหน้าที่ปรากฏบนหน้าจอห้องนักบินเมื่อเขาเข้าถึงระบบปฏิบัติการของคิระ โมบิลสูท. คิระเป็นผู้ประสานงาน ในช่วงวิกฤต บุคคลที่เป็นปัญหาได้แสดงให้เห็นถึงความสามารถที่โดดเด่นในการปรับเปลี่ยนระบบปฏิบัติการที่ไม่สมบูรณ์ของ Strike ให้ตรงกับความต้องการของสถานการณ์ การปรับตัวนี้พิสูจน์แล้วว่ามีความสำคัญอย่างยิ่งในการเผชิญหน้ากับหุ่นยนต์ Djinn ที่น่าเกรงขามของ Zaft ซึ่งการกระทำของแต่ละคนบังคับให้ Strike ต้องเข้าร่วมการต่อสู้ แรงจูงใจหลักที่อยู่เบื้องหลังการกระทำเหล่านี้คือการปกป้องเพื่อนสนิทของบุคคล เช่นเดียวกับความปรารถนาที่จะยุติความขัดแย้งที่กำลังดำเนินอยู่

 

ในวันที่ 14 กุมภาพันธ์ของยุคจักรวาลที่ 70 ไฟแห่งสงครามได้จุดประกายขึ้นเพียงสามวันหลังจากการประกาศสงครามอย่างเป็นทางการระหว่างกองกำลัง OMNI (Oppose Militancy & Neutralize Invasion Enforcer) ของสหพันธ์โลก และกองกำลังผู้ประสานงานของ ZAFT (Zodiac Alliance of Freedom Treaty) . การโจมตีโรงงานครั้งแรกของสหพันธ์โลกรวมถึงการติดตั้งอาวุธนิวเคลียร์โดยมุ่งเป้าไปที่ Junius Seven ซึ่งเป็นอาณานิคมทางการเกษตร ส่งผลให้เกิดการสูญเสียชีวิตผู้บริสุทธิ์กว่า 200,000 ราย (243,721 คน) อย่างน่าสลดใจ ในสิ่งที่เรียกว่าเหตุการณ์ "วาเลนไทน์นองเลือด" ในการตอบสนอง ทีมงานโรงงานเลือกใช้ N-Jammer (Neutron Jammer) ซึ่งสามารถหยุดการเคลื่อนที่ของอนุภาคนิวตรอน และป้องกันปฏิกิริยานิวเคลียร์ในทางกลับกัน N-Jammer ถูกกระจายไปใต้ดินทั่วโลก ส่งผลให้เกิดการขาดพลังงานอย่างมากและรบกวนคลื่นวิทยุจนขัดขวางการใช้งาน