สงครามที่กำลังจะเกิดขึ้นซึ่งจะเกิดขึ้นสักระยะหนึ่งจะปะทุเป็นความขัดแย้งเต็มรูปแบบในไม่ช้า เป็นเรื่องราวของการต่อสู้ระหว่างสองฝ่าย: Naturals และ Coordinators ผู้ประสานงาน ซึ่งเป็นมนุษย์ดัดแปลงพันธุกรรมที่มีความสามารถที่เหนือกว่า กระตุ้นให้เกิดความอิจฉาริษยาและความขุ่นเคืองในหมู่มนุษย์ธรรมชาติที่เกิดมาโดยไม่มีการปรับปรุงเหล่านี้ อารมณ์ด้านลบเหล่านี้กลายเป็นความเกลียดชังในที่สุด ส่งผลให้ Naturals ต่อต้านผู้ประสานงานและกลุ่ม Blue Cosmos ของพวกเขา เพื่อหลีกหนีจากความเป็นปรปักษ์นี้ ผู้ประสานงานได้สร้างอาณานิคมอวกาศชื่อแพลนท์ ซึ่งเป็นที่อยู่ของไดโนเสาร์ในอดีต อย่างไรก็ตาม การเคลื่อนไหวนี้ยิ่งทำให้ความตึงเครียดที่มีอยู่รุนแรงขึ้น และในที่สุดก็จุดชนวนเปลวไฟแห่งสงคราม ในวันที่ 14 กุมภาพันธ์ CE70 สามวันหลังจากการประกาศสงครามระหว่าง Earth Federation และ Zaft สหพันธ์โลกได้เปิดการโจมตีโรงงานที่ Zaft ยึดครองเป็นครั้งแรก โดยใช้อาวุธนิวเคลียร์เพื่อทำลายอาณานิคมทางการเกษตรของ "Unius Seven " การโจมตีครั้งใหญ่ส่งผลให้มีผู้เสียชีวิตผู้บริสุทธิ์ไปมากกว่า 200,000 ราย งานนี้ได้รับการขนานนามว่าเป็น "Bloody Valentine" ซึ่งทำให้แผนกโรงงานใช้เทคโนโลยี N-Jammer อุปกรณ์นี้สามารถหยุดการเคลื่อนที่ของอนุภาคนิวตรอนได้อย่างมีประสิทธิภาพ ซึ่งจะทำให้ปฏิกิริยานิวเคลียร์หยุดลง แผนกโรงงานปรับใช้อุปกรณ์เหล่านี้ทั่วโลก ส่งผลให้เกิดการขาดแคลนพลังงานอย่างรุนแรง นอกจากนี้คลื่นวิทยุบนโลกยังถูกรบกวนอย่างหนัก ทำให้ใช้งานได้ยาก สงครามที่ตามมายุติลงหลังจากผ่านไป 11 เดือน โดยที่ Plants ได้รับชัยชนะในหลายภูมิภาคทั่วโลก หลังจากสิ้นสุดความขัดแย้ง เรื่องราวมากมายก็เริ่มปรากฏ