สงครามที่กำลังจะเกิดขึ้นระหว่าง Naturals และผู้ประสานงานกำลังจวนจะกลายมาเป็นขุมนรกเต็มรูปแบบ ความขัดแย้งนี้เกิดจากผู้ประสานงานที่ได้รับการดัดแปลงพันธุกรรมเพื่อให้มีความสามารถที่เหนือกว่ามนุษย์ที่ไม่ได้ดัดแปลง ทำให้เกิดความอิจฉาริษยาและความเกลียดชังในหมู่ธรรมชาติ Blue Cosmos ก่อตั้งขึ้นเป็นกลุ่มต่อต้านผู้ประสานงาน ซึ่งนำไปสู่การสร้างโรงงานอาณานิคมอวกาศโดยผู้ประสานงาน น่าเสียดายที่ไดโนเสาร์ที่เคยอาศัยอยู่บน Plant สูญพันธุ์ไปแล้ว และสงครามระหว่างทั้งสองกลุ่มก็จุดชนวนในที่สุด ในวันที่ 14 กุมภาพันธ์ CE70 สามวันหลังจากการประกาศสงครามระหว่างสหพันธ์โลกและผู้ประสานงาน Zaft สหพันธ์โลกได้เริ่มการโจมตี Lant อาณานิคมของ Zaft เป็นครั้งแรก โดยใช้อาวุธนิวเคลียร์เพื่อทำลายพืชเกษตร "Unius เซเว่น” การโจมตีส่งผลให้ผู้บริสุทธิ์เสียชีวิตกว่า 200,000 ราย เหตุการณ์นี้เรียกว่า "Bloody Valentine" ซึ่งทำให้ฝ่ายโรงงานเลือกใช้ N-Jammer อุปกรณ์นี้มีความสามารถในการหยุดการเคลื่อนที่ของอนุภาคนิวตรอนและปิดปฏิกิริยานิวเคลียร์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ จากนั้น แผนกโรงงานได้ดำเนินการจำหน่าย N-Jammer ใต้ดินไปทั่วโลก ส่งผลให้เกิดการขาดพลังงานอย่างมาก นอกจากนี้ การรบกวนของคลื่นวิทยุบนโลกยังทำให้การสื่อสารทำได้ยาก สงครามสิ้นสุดลงใน 11 เดือนต่อมา โดยฝ่ายพืชได้รับชัยชนะในหลายภูมิภาค หลังจากสงครามสิ้นสุดลง ก็มีเรื่องเล่ามากมายเกิดขึ้น