เมื่อ 12 ปีที่แล้ว หมู่บ้านโคโนฮะงาคุเระในโลกนินจาถูกโจมตีโดยปีศาจจิ้งจอกเก้าหาง ทำให้โฮคาเงะรุ่นที่ 4 กลายเป็นผู้นำของหมู่บ้าน เพื่อควบคุมปีศาจได้ จำเป็นต้องมีการเสียสละ มันถูกผนึกไว้ในร่างของทารกแรกเกิดชื่อ นารูโตะ อุซึมากิ เมื่อเขาโตขึ้น นารูโตะก็ถูกชาวบ้านที่กลัวพลังของเขารังเกียจ อย่างไรก็ตามเรื่องนี้ เขาปรารถนาที่จะเป็นโฮคาเงะและได้รับการยอมรับจากพวกเขา ต่อมานารูโตะกลายเป็นเกนิน ซึ่งเป็นนินจาระดับต่ำ และได้รับมอบหมายให้ดูแลทีมที่นำโดยฮาตาเกะ คาคาชิ นินจาระดับสูง เพื่อนร่วมทีมของเขา ได้แก่ อุจิวะ ซาสึเกะ ผู้ซึ่งเก็บงำความแค้นใจต่อพี่ชายของเขาที่ฆ่าคนทั้งกลุ่ม และฮารุโนะ ซากุระ นารูโตะและทีมของเขาเข้าร่วมในการสอบคัดเลือกจูนิน แต่การสอบปลายภาคต้องหยุดชะงักเมื่อโอโรจิมารุโจมตีโคโนฮะงาคุเระ หลังจากเหตุการณ์สำคัญในหมู่บ้าน โฮคาเงะรุ่นที่ 3 ซึ่งในขณะนั้นเป็นผู้นำหมู่บ้าน ก็ได้พบกับการสวรรคตของเขา สิ่งนี้ทำให้นารูโตะและจิไรยะเริ่มปฏิบัติภารกิจเพื่อค้นหาซึนาเดะที่จะรับช่วงต่อเป็นโฮคาเงะรุ่นที่ 5 เมื่อซึนาเดะเข้ารับตำแหน่ง ซาสึเกะซึ่งแสวงหาอำนาจจากโอโรจิมารุเพื่อล้างแค้นน้องชายของเขา ก็หนีออกจากหมู่บ้าน นารูโตะพยายามเอาซาสึเกะกลับมาแต่กลับไร้ผล เป็นผลให้นารูโตะตัดสินใจออกจากหมู่บ้านเพื่อฝึกฝนภายใต้การแนะนำของจิไรยะ