เมื่อความขัดแย้งระหว่างเทวดาและมนุษย์ทวีความรุนแรงขึ้นในแผนการของ Evangelion ระบบ Eva ก็เริ่มไม่เสถียรมากขึ้น ความไม่มั่นคงนี้นำไปสู่การอาละวาด ทำให้กลุ่ม Cele สูญเสียหอกศักดิ์สิทธิ์ Longinus และทำให้การพัฒนาของมนุษยชาติตกอยู่ในความเสี่ยง เนื่องจากการสูญเสียหอคอย Longinus ทำให้คณะกรรมการ Cele ไม่สามารถใช้ Lilith ในแผนของพวกเขาได้ ผลก็คือ เอนทิตีเพียงตัวเดียวที่เหลืออยู่ที่มีคุณสมบัติเหมือนกับลิลิธก็คือ "Evangelion 01" ซึ่งสร้างขึ้นจากลิลิธแต่เพียงผู้เดียว เพื่อให้ได้สิ่งนี้ Cele จึงถูกบังคับให้บุกและควบคุมสำนักงานใหญ่ของ Nerf ในญี่ปุ่น พวกเขายังขอความร่วมมือจากสาขา Nerf อื่นๆ ทั่วโลกเพื่อให้บรรลุเป้าหมาย