เมื่อการเปลี่ยนแปลงจากฤดูใบไม้ผลิสู่ฤดูร้อนเกิดขึ้น มาโกโตะ ยูกิยังคงยืนหยัดร่วมกับทีมปฏิบัติการนอกหลักสูตรพิเศษ (SEES) ทีมงานยังคงพยายามอย่างต่อเนื่องเพื่อปราบ Shadows ขนาดและจุดแข็งต่างๆ แต่ตอนนี้พวกเขาต้องเผชิญกับศัตรูรายใหม่: Strega กลุ่มผู้ใช้ Persona ที่หลงทางและมุ่งมั่นที่จะรักษาอิทธิพลของ Dark Hour ให้เป็นประโยชน์ ดูเหมือนว่า Strega อาจมีข้อมูลบางอย่างเกี่ยวกับแก่นแท้ของ Dark Hour

ในช่วงปิดเทอมฤดูร้อนที่ยาคุชิมะ กลุ่ม SEES ได้เข้าร่วมโดยหุ่นยนต์ชื่อเอจิส แม้ว่าเธอถูกสร้างขึ้นมาเพื่อกำจัดเงา แต่เธอก็กลายเป็นพันธมิตรอันทรงคุณค่าของทีม อย่างไรก็ตาม เธอมีแรงดึงดูดที่แปลกประหลาดในตัวมาโกโตะ และไม่เคยหลงทางจากเขาเลย ขณะที่ทั้งกลุ่มเจาะลึกความลับอันลึกลับของชั่วโมงแห่งความมืด ความผูกพันอันลึกลับระหว่างเอจิสและมาโกโตะก็ค่อยๆ ถูกเปิดเผย