ซาโตชิ คาสึมิ และทาเคชิพบว่าตัวเองอยู่ในกลุ่มเทรนเนอร์ลึกลับที่เชิญชวนให้ไปพบกับมิวทู ขณะที่พวกเขาเริ่มต้นการผจญภัยครั้งนี้ ในไม่ช้าพวกเขาก็ค้นพบว่ามิวทูเป็นโปเกมอนที่ฉลาดและน่าเกรงขาม สร้างขึ้นเพื่อท้าทายและทดสอบทักษะของพวกเขาโดยเฉพาะ