เรื่องราวติดตามชีวิตของมอลลี่ เด็กสาวโดดเดี่ยวที่บังเอิญปล่อยพลังของโปเกมอนลึกลับออกมา โปเกมอนใช้จินตนาการและความคิดของมอลลี่เพื่อสร้างสิ่งมีชีวิตที่มุ่งร้ายซึ่งมีความสามารถในการแช่แข็งเมือง ในภารกิจตามหาร่างของแม่ มอลลี่ส่งเอนตี้ ซึ่งเป็นโปเกมอนในตำนานไปตามหาแม่ของเธอ อย่างไรก็ตาม Enty กลับมาพร้อมกับแม่ของ Satoshi ผู้ซึ่งถูกสะกดจิตให้เชื่อว่าเธอเป็นแม่ของ Molly เพื่อช่วยแม่ของ Satoshi และกำจัดเมืองแห่งความมืดมิดที่ปิดบังไว้ Satoshi และพรรคพวกของเขาจะต้องเข้าร่วมการต่อสู้อันดุเดือด