ซาโตชิและสหายของเขาพบว่าตัวเองอยู่ในเมืองรารัสที่มีเทคโนโลยีขั้นสูง ซึ่งพวกเขาตั้งเป้าที่จะแข่งขันในแบตเทิลทาวเวอร์โปเกมอนอารีน่า ขณะอยู่ที่นั่น พวกเขาได้พบกับดร.รอนโด ซึ่งกำลังทำการทดลองเกี่ยวกับการฟื้นคืนชีพของ Deoksis ซึ่งเป็นสิ่งมีชีวิตที่ถูก Reccusa สังหารเมื่อหลายปีก่อน ตามที่โชคชะตากำหนด Reccusa ได้กลับมาที่เมืองด้วยความตั้งใจที่จะตามล่า Deoksis ก่อนที่จะสามารถฟื้นคืนชีพได้อีกครั้ง การต่อสู้ที่กำลังจะเกิดขึ้นระหว่างศัตรูทั้งสองนั้นเข้มข้นอย่างแน่นอน แต่ผลลัพธ์ยังคงไม่แน่นอน ใครจะเป็นผู้ได้รับชัยชนะ?