ซาโตชิ พิคาชู และสหายของพวกเขาออกเดินทางสู่ปราสาทฮอลแลนด์เพื่อเข้าร่วมในพิธีรำลึกถึงเหล่าอัศวินแห่งคลื่น ซาโตชิค้นพบตำนานของอารอน อัศวินแห่งคลื่นที่หายตัวไปอย่างไร้ร่องรอยที่ปราสาทแห่งนี้ สมาชิกที่เหลือเพียงคนเดียวของกลุ่มคือลูคาริโอ โปเกมอนอันเป็นที่รักที่ถูกสะกดจิตโดยเจ้าหน้าที่ที่ซาโตชิปล่อยออกมาโดยไม่รู้ตัว ซึ่งนำไปสู่ผลที่ตามมาที่เลวร้าย เมื่อพิคาชูหายตัวไป ซาโตชิและเพื่อนๆ จะต้องค้นหาอย่างไม่เหน็ดเหนื่อยจนกว่าพวกเขาจะพบว่ามิวจับพิคาชูไปเป็นเชลย มิวพาพวกเขาไปสู่ต้นไม้ที่ให้กำเนิดโลกที่เต็มไปด้วยอันตราย ลูคาริโอร่วมการเดินทางที่เต็มไปด้วยอันตรายครั้งนี้ และในที่สุดพวกเขาก็ค้นพบความจริงเบื้องหลังต้นไม้และดอกไม้แห่งกาลเวลา พวกเขาเรียนรู้เกี่ยวกับตำนานของมิวและแอรอน อัศวินแห่งคลื่นที่สละชีวิตเพื่อปกป้องเมืองนี้