ซาโตชิและเพื่อนร่วมทางของเขานัดพบกับกลุ่มมาริน่าเพื่อจัดแสดงคอลเลกชันโปเกมอนในน้ำ พร้อมด้วยแจ็กกี้ โปเกมอนเรนเจอร์ผู้มุ่งมั่นที่จะปกป้องสิ่งมีชีวิตเหล่านี้ แจ็กกี้ทำภารกิจขนส่งไข่ ในขณะที่มานาฟี เจ้าชายแห่งท้องทะเลถูกนำตัวกลับไปที่วิหารใต้ทะเลพร้อมกับโจรสลัดแฟนทอมตามล่าไข่อย่างร้อนแรง ในที่สุดไข่ก็ฟักออกมาเป็น Manaphy ซึ่งเป็นโปเกมอนหายากอย่างไม่น่าเชื่อที่สามารถนำทางไปยังวิหารใต้ทะเลได้ ทั้งหมดนี้เกิดขึ้นในคืนพระราหูอมจัน