ระหว่างพักทานอาหาร พวก Satoshi ได้พบกับ Chemi โปเกมอนผู้กตัญญูที่หลงทางเนื่องจากมิติของ Giratina ที่เปลี่ยนระหว่างโลกย้อนกลับและโลกแห่งความเป็นจริง Mugen ศาสตราจารย์วิจัยที่อาศัยอยู่ในโลกย้อนกลับมาห้าปีได้พบกับ Satoshi และ Hikari ในโลกนี้ที่เวลาเดินย้อนกลับ การผจญภัยครั้งนี้ได้นำพวกเขาไปสู่ ​​​​Zero ซึ่งเป็นบุคคลที่พยายามควบคุมโลกที่ตรงกันข้ามอย่างสมบูรณ์ ด้วยการทำงานร่วมกัน Satoshi, Chemi และ Mugen มุ่งมั่นที่จะปกป้องและรักษาโลกที่ตรงกันข้าม