โครงเรื่องเป็นเรื่องเกี่ยวกับเรื่องราวของเทพเจ้าแห่งโปเกมอนและการกลับมาที่รอคอยมานานของพวกเขา ซึ่งเก็บงำความเกลียดชังที่ฝังลึกต่อมนุษยชาติ เมื่อเรื่องราวดำเนินไป เหล่า Satoshi พบว่าตัวเองตกอยู่ในสถานการณ์ลำบาก พวกเขาจะตอบสนองอย่างไรเมื่อเผชิญหน้ากับเทพโปเกมอนผู้อาฆาตแค้นรายนี้