ในตอนล่าสุด ทีมงานของ Satoshi ออกเดินทางสู่เมือง "Desert City" ซึ่งพวกเขาได้พบกับบุคคลสองคน "Hupa" ซึ่งร่างของเขาถูกผนึกไว้ และหญิงสาวชื่อ "Mary" อย่างไรก็ตาม บทสนทนาของพวกเขาต้องจบลงเมื่อ "บัลซา" น้องชายของแมรีค้นพบผู้หมวดที่ซ่อนตัวอยู่ ทันใดนั้น Hoopa ขนาดยักษ์ที่เต็มไปด้วยความโกรธที่ถูกกักขังจากคาถา 100 ปี เช่นเดียวกับ Pokemon Lugia, Latios, Latias และ Black Mega Reqaza ในตำนานก็เข้ามาช่วยเหลือพวกเขา น่าเสียดายที่ Dark Hoopa เรียกโปเกมอนในตำนานตัวอื่นออกมา ซึ่งนำไปสู่การต่อสู้ครั้งยิ่งใหญ่ที่จะกำหนดชะตากรรมของโลก จะเกิดอะไรขึ้นกับ Satoshi, Hoopa และส่วนอื่นๆ ของโลก?