ที่โรงเรียนมัธยม Yunaki ฮิวงะ ซากิ นักเรียนปีที่สองและนักพิชเชอร์มากทักษะของชมรมซอฟต์บอล ได้เผชิญหน้ากับหญิงสาวที่แปลกประหลาดแต่คุ้นเคยอย่างแปลกประหลาดชื่อมิโช ไม การประชุมนี้เกิดขึ้นใต้ Sky Tree สูงตระหง่านในป่า Toneriko บนไหล่เขา สิ่งที่น่าสนใจคือซากีและไมเคยเดินสวนทางกันเมื่อห้าปีก่อนในช่วงเทศกาลฤดูร้อน ซึ่งตรงกับการปรากฏตัวของดาวตก ในระหว่างการเผชิญหน้าครั้งล่าสุด ซากีและไมพบว่าตัวเองต้องเผชิญหน้ากับสิ่งมีชีวิตประหลาดที่มาจากดินแดนแห่งน้ำ สิ่งมีชีวิตตัวนี้ ซึ่งเป็นนางฟ้าดอกไม้ชื่อ "Flappy" และนกที่เป็นคู่กันคือนางฟ้านกชื่อ "Shppy" ได้ขอความคุ้มครองจาก Saki และ Mai ด้วยเหตุนี้ ซากีและไมจึงได้รับสมญานามนักรบในตำนานที่รู้จักกันในชื่อพริตตี้เคียว Flappy และ Chappie ขอร้องให้ Saki และ Mai เข้าร่วมกองกำลังและต่อสู้เคียงข้างพวกเขาในฐานะผู้พิทักษ์ต้นไม้โลก ซึ่งเป็นสิ่งมีชีวิตอันยิ่งใหญ่ที่ครอบครองอำนาจเหนือสิ่งมีชีวิตทั้งหมดในทุกอาณาจักร อย่างไรก็ตาม กลุ่มชั่วร้ายที่รู้จักกันในชื่อ Darkfall ได้ตั้งเป้าที่จะกำจัดต้นไม้โลกให้สิ้นซาก แผนของพวกเขาคือการทำลายบ่อน้ำศักดิ์สิทธิ์ทั้งเจ็ดที่หล่อเลี้ยงต้นไม้ โดยมีเพียงบ่อน้ำดวงอาทิตย์เท่านั้นที่ยังคงไม่มีใครแตะต้อง ตอนนี้ตกเป็นหน้าที่ของ Pretty Cure ในการฟื้นฟูบ่อน้ำและปกป้องบ่อน้ำ Sun Well ซึ่งเป็นป้อมปราการแห่งความหวังสุดท้ายที่ยังไม่ถูกทำลายล้าง