เรื่องราวดำเนินไปในกรุงโตเกียว เมืองหลวงของญี่ปุ่น ซึ่งเหตุการณ์ไม่คาดคิดที่เรียกว่าโตเกียวจูปิเตอร์ได้เกิดขึ้น
เมื่อมองดูโตเกียว จะดูเหมือนโดมที่มีรูปร่างคล้ายดาวพฤหัสบดีล้อมรอบ ทำให้เกิดเป็นพื้นที่สามมิติ โดมแห่งนี้ได้รับรายงานว่าจะหยุดการผ่านของเวลาภายในขอบเขตของมัน ส่งผลให้เหตุการณ์ทั้งหมดหยุดชะงัก แม้ว่าโลกภายนอกจะผ่านไปนานนับทศวรรษ แต่ภายในโดมยังคงไม่เปลี่ยนแปลง ชนเผ่าที่รู้จักกันในชื่อ "มู" ได้รับการยกย่องว่าเป็นผู้สร้างปรากฏการณ์ลึกลับนี้
คามินะ อายาโตะเป็นตัวเอกของเรื่องนี้ เด็กชายวัย 17 ปีที่อาศัยอยู่ในโตเกียวซึ่งนาฬิกาหยุดเดิน ขณะเดินทางร่วมกับเพื่อนๆ ของเขา การโจมตีทางอากาศโดยเครื่องบินลึกลับก็เกิดขึ้น ส่งผลให้รถไฟใต้ดินที่พวกเขาโดยสารอยู่ตกราง แม้ว่าจะไม่ได้รับบาดเจ็บ แต่ Ayato ก็ออกผจญภัยเพื่อขอความช่วยเหลือ และในไม่ช้าก็ได้พบกับเด็กสาวลึกลับที่รู้จักกันในชื่อ Mishima Reika ซึ่งมีความคล้ายคลึงกับงานศิลปะของเขาอย่างเห็นได้ชัด หลังจากที่เธอเป็นผู้นำ อายาโตะก็ไปถึงที่ตั้งของไข่ขนาดมหึมา ซึ่งเขาและไข่มีความเชื่อมโยงที่แปลกประหลาดร่วมกัน
หุ่นยนต์ที่มีความสามารถในการเปลี่ยนแปลงโลกได้มีชีวิตขึ้นมาแล้วและมีชื่อว่า Rahxephon