จักรวรรดิอัลซาโนเป็นที่ตั้งของโรงเรียนเวทมนตร์ที่มีชื่อเสียงที่สุดแห่งหนึ่งของโลก นั่นคือ สถาบันเวทมนตร์จักรวรรดิอัลซาโน ที่นี่ นักเรียนหนุ่มสาวผู้ทะเยอทะยานได้รับการฝึกฝนเพื่อเป็นนักเวทที่มีความสามารถ ซิสทีน ไฟเบล เด็กสาวชนชั้นสูงผู้เคร่งขรึม และรูเมีย ทิงเกล เพื่อนสนิทผู้มีดวงตาเป็นประกาย เข้าเรียนที่สถาบันแห่งนี้ด้วยความมุ่งมั่นที่จะพัฒนาทักษะเวทมนตร์ของตน

อย่างไรก็ตาม โลกของพวกเธอพลิกผันเมื่ออาจารย์ที่พวกเธอชื่นชอบเกษียณอายุอย่างกะทันหัน และเกล็น เรดาร์ส ผู้ลึกลับเข้ามาแทนที่ ทัศนคติที่เกียจคร้านและไม่แยแสต่อชีวิตและเวทมนตร์ของเขาทำให้เขาขัดแย้งกับนักเรียนในชั้นเรียนอย่างรวดเร็ว ยิ่งไปกว่านั้น กองกำลังชั่วร้ายที่ซ่อนอยู่ภายในกำแพงของจักรวรรดิเริ่มเคลื่อนไหว และซิสทีน รูเมีย และเกล็น พบว่าตัวเองเข้าไปพัวพันกับแผนการของพวกมัน

Rokudenashi Majutsu Koushi to Akashic Records ติดตามเรื่องราวของซิสทีน ผู้หลงใหลในปราสาทลอยฟ้าลึกลับ รูเมีย ผู้ถูกหลอกหลอนด้วยอดีตอันเลวร้าย และเกล็น ผู้ซึ่งอาจมีอะไรบางอย่างมากกว่าที่เห็น แม้จะดูเผินๆ แล้วแตกต่างกันอย่างสิ้นเชิง แต่พวกเขากลับถูกผูกมัดเข้าด้วยกันด้วยสายใยแห่งโชคชะตาอย่างอธิบายไม่ได้