ที่พิพิธภัณฑ์ประวัติศาสตร์โบราณแห่งโตเกียว นายทาคากาว่า ภัณฑารักษ์ และเคนจิ ภารโรง เป็นสักขีพยานในการฟื้นคืนชีพอย่างน่าอัศจรรย์ของซามูไรดำผู้โด่งดัง นักรบญี่ปุ่นโบราณ ซึ่งชุดเกราะของเขาถูกกำหนดให้กลายเป็นนิทรรศการใหม่ล่าสุดของพิพิธภัณฑ์ วันรุ่งขึ้น ทีมงาน Mystery Inc. มาถึงโตเกียว ซึ่งดาฟเนได้รับคำเชิญให้เข้าร่วมการแข่งขันศิลปะการต่อสู้ที่สถาบันมิริโมโตะอันทรงเกียรติ ซึ่งดูแลโดยมิสมิริโมโตะ ชาวแก๊งได้พบกับมิยูมิ เพื่อนของดาฟเน ซึ่งอธิบายความท้าทายในการชนะการแข่งขันและการได้เข้าเรียนในสถาบันในฐานะนักเรียน หลังจากที่ดาฟเนเอาชนะโซโจ ผู้คุ้มกันของมิริโมโตะ และเกือบจะเอาชนะมิยูมิได้ มิริโมโตะก็รับรู้ถึงศักยภาพของดาฟเนในฐานะนักสู้ ในขณะเดียวกัน คุณทาคากาว่าก็เข้าร่วมการแข่งขันด้วย โดยเตือนมิริโมโตะว่าซามูไรดำได้ฟื้นคืนชีพแล้ว และจะไม่หยุดยั้งที่จะดึง Destiny Scroll ซึ่งอยู่ที่โรงเรียนกลับมา ในช่วงเทศกาล ซามูไรดำและนักรบนินจาของเขาโจมตีโรงเรียนและขโมยคัมภีร์ได้สำเร็จ อย่างไรก็ตาม มิริโมโตะเปิดเผยว่าม้วนหนังสือนั้นเป็นเพียงสำเนาและนำพาแก๊งค์ไปสู่เวอร์ชันที่แท้จริง