เรื่องราวของสคูบี้-ดูเป็นเรื่องเกี่ยวกับวัยรุ่นสี่คน ได้แก่ เฟร็ด ดาฟเน่ เวลมา และแชกกี้ พร้อมด้วยสคูบี้-ดู เพื่อนสุนัขตัวใหญ่แต่ขี้กังวลของพวกเขา พวกเขาเริ่มต้นการผจญภัยด้วยรถตู้สีสันสดใสที่เรียกว่าเครื่องลึกลับ (หรือที่รู้จักกันในชื่อ "เครื่องลึกลับ" ในประเทศของเรา) พวกเขาร่วมมือกันไขคดีปริศนามากมาย ซึ่งมักเกิดขึ้นภายในที่พำนักอันน่าขนลุกหรือเกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ที่ดูเหมือนเหนือธรรมชาติ อย่างไรก็ตาม ในที่สุดก็มีการเปิดเผยว่าปรากฏการณ์เหล่านี้เป็นผลมาจากการกระทำของมนุษย์ กลุ่มผู้กระทำผิดสามารถจับกุมผู้กระทำผิดได้อย่างมีชัย และนำความยุติธรรมมาสู่สถานการณ์ที่เกิดขึ้น