เรื่องราวของสคูบี้-ดูมีศูนย์กลางอยู่ที่กลุ่มวัยรุ่นสี่คนชื่อเฟรด ดาฟเน่ เวลมา และแชกกี้ พร้อมด้วยสคูบี้-ดู เพื่อนสุนัขตัวใหญ่แต่ขี้กังวลของพวกเขา พวกเขาเริ่มต้นการผจญภัยในรถตู้สีสันสดใสที่รู้จักกันในชื่อเครื่องลึกลับ (หรือที่เรียกกันว่า "เครื่องลึกลับ" ในภูมิภาคของเรา) โดยร่วมมือกันเพื่อไขปริศนามากมาย ความฉงนสนเท่ห์เหล่านี้มักวนเวียนอยู่รอบๆ บ้านที่น่าขนลุกและเหตุการณ์ที่ดูเหมือนเหนือธรรมชาติ รวมถึงการประจักษ์ที่มุ่งร้าย อย่างไรก็ตาม ในที่สุดก็มีการเปิดเผยว่าปรากฏการณ์เหล่านี้เป็นผลมาจากการกระทำของมนุษย์ ด้วยความฉลาดหลักแหลมสามารถจับกุมผู้กระทำผิดได้สำเร็จ