“ในอนาคตอันใกล้นี้ มนุษยชาติไม่สามารถอยู่อย่างสงบสุขได้อีกต่อไป แต่กลับถูกคุกคามจากการรุกรานของสิ่งมีชีวิตนอกโลกที่รู้จักกันในชื่อ Noise ซึ่งก่อให้เกิดการเน่าเปื่อยของร่างกายมนุษย์จำนวนนับไม่ถ้วน แม้ว่ามนุษย์จะไม่สามารถปกป้องได้ ด้วยการต่อต้านภัยคุกคามนี้ องค์กร Kazanari จึงได้พัฒนา Symphogear System ระบบนี้ได้รับความไว้วางใจจากนักร้อง Zwei Wing สองคนที่ใช้มันเพื่อต่อสู้กับ Noise ระหว่างทางพวกเขายังได้พบกับนักเรียนหญิงสองคนจากโรงเรียนดนตรีที่ปรากฏตัว ที่จะมีความเชื่อมโยงกับภารกิจของพวกเขา