ผู้อาศัยบนโลกต้องเผชิญกับภัยคุกคามจากนอกโลกที่เรียกว่าเฟสทัม ซึ่งพลังพิเศษทำให้พวกเขาสามารถอ่านความคิดของคนที่พวกเขาเผชิญหน้าได้ ความสามารถนี้ได้นำไปสู่การพิชิตและความพ่ายแพ้ของมนุษย์จำนวนมาก อย่างไรก็ตาม เกาะหนึ่งโดยเฉพาะ เกาะทัสสุมิยะ บอกเล่าเรื่องราวที่แตกต่างออกไป เป็นที่ตั้งของกลุ่มนักศึกษาและบุคคลที่ได้สร้างแผงกั้นที่มองไม่เห็นเพื่อป้องกันการตรวจจับจากทั้ง Festum และบุคคลภายนอก เมื่อการรุกรานของ Festum มาถึงฝั่งของพวกเขาในที่สุด ตัวละครในเรื่องนี้ต่างก็ต้องเผชิญกับชะตากรรมและประวัติศาสตร์ของตนเอง เหตุใดนักเรียนเหล่านี้จึงถูกเลือกให้อยู่บนเกาะทัสสุมิยะ? ติดตามการเดินทางของพวกเขาใน Fafner's Sky War