ในปี 1939 การโจมตีที่ลึกลับและทำลายล้างซึ่งเรียกว่าการโจมตีของ Nelroy ได้ทำลายล้างเมืองต่างๆ มากมายและคร่าชีวิตผู้บริสุทธิ์ไปมากมาย ต้นกำเนิดและเจตนาของการโจมตีครั้งนี้ยังคงเป็นปริศนามาจนถึงทุกวันนี้ เพื่อต่อสู้กับภัยคุกคามใหม่นี้ "Strike Unit" ซึ่งเป็นอาวุธวิเศษต่อต้านเนลรอยจึงได้รับการพัฒนา อาวุธดังกล่าวต้องการเด็กสาวจากทั่วโลกจึงจะใช้งานมันได้อย่างมีประสิทธิภาพ ดังนั้น Joint Fighter Wing 501 Strike Witches จึงถูกสร้างขึ้นเพื่อเป็นทีมหญิงสาวผู้มีทักษะเพื่อใช้ในหน่วยโจมตีและป้องกันการโจมตีของ Nelroy ในอนาคต ตอนที่ 3 ของ Strike Witches Road to Berlin เจาะลึกเรื่องราวของอาวุธที่น่าเกรงขามนี้และนักสู้ผู้กล้าหาญที่ใช้มัน