ในโลกอนาคต ผู้คนที่มีความสามารถพิเศษที่เรียกว่าพลังจิต เอสเปอร์ หรือผู้ที่มีพลังจิตได้กลายเป็นสาขาหนึ่งของวิทยาศาสตร์ อย่างไรก็ตาม สิ่งนี้ขัดแย้งกับพลังเหนือธรรมชาติอีกอย่างหนึ่งที่เรียกว่าเวทมนตร์ ฉากนี้เกิดขึ้นในเมืองแห่งการศึกษา ซึ่งเป็นเมืองที่มีความก้าวหน้าทางเทคโนโลยีตั้งอยู่ทางตะวันตกของโตเกียว ประเทศญี่ปุ่น วันหนึ่ง ชีวิตของโทมะเปลี่ยนไปเมื่อเขาพบแม่ชีที่หมดสติอยู่บนระเบียงของเขาซึ่งมีชื่อว่าอินเด็กซ์ อินเด็กซ์มีความทรงจำที่ยอดเยี่ยมและมีความรู้เกี่ยวกับคัมภีร์เวทมนตร์นับแสนเล่มที่เป็นที่ต้องการของผู้ที่ฝึกฝนเวทมนตร์ โทมะเสนอที่พักพิงและความคุ้มครองจากผู้ที่ต้องการทำร้ายเธอ ไม่ว่าพวกเขาจะมาจากด้านเวทมนตร์หรือวิทยาศาสตร์ก็ตาม