โลกอนาคตในเรื่องนี้เป็นโลกที่บุคคลที่มีความสามารถพิเศษ เช่น พลังจิตและเอสเปอร์ ได้กลายเป็นสาขาหนึ่งของวิทยาศาสตร์ อย่างไรก็ตามพลังของพวกเขาขัดแย้งกับพลังเหนือธรรมชาติประเภทอื่นนั่นคือเวทมนตร์ เรื่องราวเกิดขึ้นในเมืองแห่งการศึกษาที่มีเทคโนโลยีขั้นสูงซึ่งตั้งอยู่ในญี่ปุ่น ทางตะวันตกของโตเกียว ชีวิตของโทมะพลิกผันอย่างไม่คาดคิด เมื่อเขาพบว่าแม่ชีวัยเดียวกับเขาหมดสตินอนอยู่บนระเบียง ชื่อของเธอคืออินเด็กซ์ และเธอมีความทรงจำอันเหลือเชื่อที่สามารถนึกถึงคัมภีร์เวทมนตร์นับแสนเล่มได้ น่าเสียดายที่สิ่งนี้ทำให้เธอตกเป็นเป้าของผู้ที่ฝึกฝนเวทมนตร์ โทมะเข้ามาช่วยเหลืออินเด็กซ์ โดยมอบที่พักพิงและความคุ้มครองแก่เธอจากผู้ที่ไล่ตามเธอทั้งจากด้านวิทยาศาสตร์และเวทมนตร์