ในโลกอนาคต ความสามารถพิเศษของบุคคลที่มีพลังพิเศษ รวมถึงผู้ที่มีพลังจิต หรือที่เรียกว่าพลังจิตหรือเอสเปอร์ ได้กลายเป็นสาขาวิชาวิทยาศาสตร์ไปแล้ว อย่างไรก็ตาม โลกของพวกเขาขัดแย้งกับพลังเหนือธรรมชาติอีกประเภทหนึ่ง นั่นก็คือเวทมนตร์ เรื่องราวเกิดขึ้นในเมืองแห่งเทคโนโลยีขั้นสูง ซึ่งตั้งอยู่ทางตะวันตกของโตเกียว ประเทศญี่ปุ่น และเป็นที่รู้จักจากสถาบันการศึกษาอันทรงเกียรติ วันหนึ่ง ชีวิตของโทมะเปลี่ยนไป เมื่อเขาค้นพบแม่ชีอินเด็กซ์ที่หมดสตินอนอยู่บนระเบียงห้องของเขา อินเด็กซ์มีความทรงจำที่ยอดเยี่ยมและจดจำคัมภีร์เวทมนตร์ได้นับแสนเล่ม ทำให้เธอตกเป็นเป้าหมายของทั้งผู้ฝึกฝนเวทมนตร์และนักวิทยาศาสตร์ โทมะมอบที่พักพิงและการปกป้องจากทั้งสองฝ่ายแก่อินเด็กซ์ กลายเป็นพันธมิตรของเธอในโลกที่อันตรายใบนี้