เมื่อได้รับสัญญาณขอความช่วยเหลือ ยานอวกาศยามาโตะก็พยายามหลบหนีจากกาแล็กซีเมฆแมกเจลแลนใหญ่ อย่างไรก็ตาม แผนการของพวกเขาต้องพังทลายลงเมื่อพวกเขาเผชิญหน้ากับกลุ่มลึกลับชื่อ "แกตแลนติส" โดยไม่คาดคิดที่บริเวณรอบนอกของกาแล็กซี ผู้นำของกลุ่มนี้ ซึ่งเป็นที่รู้จักในนามผู้บัญชาการแห่งกองทัพ เรียกร้องให้ยามาโตะติดตามเขาไปด้วย และเดินทางไปกับชายคนหนึ่งชื่อกูตาบา ซึ่งมีชื่อเล่นว่า "โกรัน ดากามุแห่งสายฟ้า" แม้ว่าลูกเรือของยามาโตะกระตือรือร้นที่จะกลับบ้านมายังโลก แต่พวกเขาก็ถูกขัดขวางไม่ให้ทำเช่นนั้นเมื่อกลุ่มแกตแลนติสโจมตีพวกเขาด้วยอาวุธลำแสงทรงพลังที่เรียกว่า "ปืนใหญ่โจมตีโดยตรงด้วยเปลวไฟ" ซึ่งสามารถทะลุผ่านอวกาศได้

หลังจากล่าถอย ยามาโตะก็สับสนและเข้าสู่มิติที่ไม่คุ้นเคยซึ่งมีสีแปลกๆ โดยไม่ได้ตั้งใจ เพื่อรวบรวมความรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับสภาพแวดล้อม ลูกเรือจึงตัดสินใจหยุดเครื่องยนต์ของเรือและสำรวจดาวเคราะห์ลึกลับดวงหนึ่ง Kodai, Kiryū, Sawamura, Niimi และ Aihara ขึ้นฝั่งบนพื้นผิวโลกเพียงเพื่อค้นพบเรือที่ผิดปกติซึ่งไม่มีธุรกิจอยู่ที่นั่น

ขณะตามหาเส้นทางวาร์ปที่ยามาโตะทิ้งไว้ ในที่สุดดากามุก็มาถึงพื้นที่อวกาศที่มีสีสันสดใสและแปลกตา ปรากฎว่าดาวเคราะห์ที่ยามาโตะได้ลงจอดนั้นเป็นเป้าหมายในการค้นหาของดากามุมาโดยตลอด