อุลตร้าแมน คอสมอส มีชื่อเสียงในฐานะนักรบแห่งความเมตตากรุณาและความอ่อนโยน ซึ่งเป็นตัวแทนของสภาอวกาศซึ่งมีวัตถุประสงค์หลักเพื่อสร้างความสามัคคีและความสงบสุขบนดาวเคราะห์ที่ได้รับมอบหมาย คอสมอสมอบหมายให้มูซาชิเป็นผู้จัดหาหินส่องแสง ซึ่งทำให้เขาสามารถอัญเชิญคอสมอสได้ในยามตกอยู่ในอันตราย จำเป็นอย่างยิ่งที่จะต้องวิงวอนจักรวาลด้วยทั้งความอ่อนโยนและความกล้าหาญ มูซาชิรวมเข้ากับหินเรืองแสง ซึ่งแปลงร่างเป็นไม้เท้าคอสโม ทำให้เขากลายเป็นคอสมอส เมื่อเขาโตเป็นหนุ่ม มูซาชิก็ไล่ตามความปรารถนาของเขา อย่างไรก็ตาม โลกกำลังถูกโจมตีจากไวรัสจากนอกโลกที่เข้ามาครอบงำและเปลี่ยนสัตว์ประหลาดให้กลายเป็นสัตว์ร้ายที่ออกอาละวาด อุลตร้าแมนคอสมอสและมูซาชิร่วมมือกันเพื่อปกป้องโลก