คุโดะ ชินิจิ นักเรียนมัธยมปลายและนักสืบอายุ 17 ปี เขาชื่นชอบโมริ รัน ลูกสาวของโมริ โคโกโระ ซึ่งชินิจิเดินผ่านไป เขาเป็นนักสืบที่ดีที่สุดแห่งปีของ Heisei และสังเกตการสนทนาของชายชุดดำอย่างลับๆ เขาไม่รู้เลยว่ามีชายชุดดำอีกคนซุ่มโจมตีเขาจากด้านหลัง ต่อมาพวกเขาถูกจับกุมและฉีดยาพิษซึ่งเชื่อกันว่าเป็นฝีมือขององค์กรของพวกเขา อย่างไรก็ตาม พิษทำให้ชิอิจิตัวเล็กลงและกลายเป็นเด็กชายอายุเจ็ดขวบ จากนั้นเขาก็เปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะ โคนันโดยได้รับความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ และสำรวจเส้นทางของชายชุดดำเพื่อค้นหายาแก้พิษ เขาอาศัยอยู่กับเพื่อนสมัยเด็ก รัน ซึ่งทำงานที่สำนักงานนักสืบโมริกับโคโกโระ พ่อของเธอ โคโกโระซึ่งเป็นนักสืบเอกชนไม่ใช่นักสืบที่เชื่อถือได้ โคนันซึ่งเป็นลูกของชินิจิใช้อุปกรณ์ที่ดร.อากาสะ ฮิโรชิสร้างขึ้นเพื่อไขคดีต่างๆ แทนโคโกโร่และทำให้เขาโด่งดัง การค้นหาชายชุดดำคือเป้าหมายสูงสุดสำหรับชินิจิที่ติดอยู่ในร่างของเด็กและต้องเข้าเรียนโรงเรียนประถมศึกษาเทตันตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ชินอิจิก่อตั้งกลุ่มนักสืบรุ่นใหม่เพื่อช่วยค้นหาชายชุดดำและยาแก้พิษของโคนันร่วมกับโยชิดะ อายูมิ สึบุรายะ และโคจิมะ เกนตะ ขณะที่พวกเขาทำงานในคดีนี้ พวกเขาก็ค้นพบเบาะแสต่างๆ และได้พบกับบุคคลสำคัญอย่างมิยาโนะ อาเคมิ หนึ่งในสมาชิกคนสุดท้ายขององค์กรชุดดำ และมิยาโนะ ชิโฮะ หรือไฮบาระ ไอ อดีตสมาชิกขององค์กรชุดดำ พวกเขายังได้พบกับนักวิทยาศาสตร์ที่สร้างยา APTX4869 ซึ่งเป็นสาเหตุของสถานะปัจจุบันของโคนัน แม้จะมีการหักมุมและพลิกผันของเรื่องราวต่างๆ มากมาย แต่มันก็ยังคงเป็นการ์ตูนที่ดำเนินเรื่องยาวนานโดยเน้นที่คดีต่างๆ ควบคู่ไปกับกรณีนี้ ความสัมพันธ์ระหว่างตัวละครพัฒนาขึ้น และองค์กรชุดดำเคลื่อนตัวช้าๆ ในเบื้องหลัง ตอนจบของเรื่องราวยังไม่ได้รับการเปิดเผย