นี่คือเรื่องราวที่เกิดขึ้นระหว่าง Code Geass ดั้งเดิมกับ R2 ในปี 2017 a.t.b หลังจากที่ซีโร่ (ลูลูช) หายตัวไป ทิ้งให้ "ภาคีอัศวินดำ" อยู่ในความระส่ำระสาย เรื่องราวหมุนรอบทวีปยุโรป โดยเฉพาะ Euro Universe (E.U.) ซึ่งถูกยึดครองโดยจักรวรรดิบริแทนเนียน ทำให้พวกเขาเสียเปรียบอย่างมาก มีหลายฝ่ายที่มีบทบาท เช่น E.U. หน่วยรบพิเศษ "W-0" ผู้บัญชาการฝันร้าย อากิโตะ ฮิวงะ และ E.U. ผู้บัญชาการกองกำลังพิเศษ เรลา มัลคาล อดีตสมาชิกขุนนางของบริแทนเนีย เธอเป็นผู้นำกองทัพ Wyvern ซึ่งเป็นกลุ่มนักบิน Knightmare ที่ประกอบด้วยบุคคลจากญี่ปุ่น พวกเขารวมตัวกันในสนามรบของสงครามครั้งนี้ ซึ่งโอกาสรอดชีวิตมีน้อยกว่า 5% เป้าหมายของพวกเขาคือต่อสู้เพื่ออิสรภาพและกลับบ้านที่ญี่ปุ่น