ในวันแรกของชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 ที่โรงเรียนมัธยมเหนือ ฮารุฮิ สึซึมิยะ เปิดฉากด้วยคำถามประหลาดๆ ว่า "ใครในพวกเราที่เป็นมนุษย์ต่างดาว นักเดินทางข้ามเวลา สิ่งมีชีวิตข้ามมิติ หรือผู้ใช้พลังจิต เข้ามาเลย" เคียวน์ ตัวเอกได้เรียนรู้จากอดีตเพื่อนร่วมชั้นของฮารุฮิว่าเธอเป็นเด็กสาวแหวกแนวและแทบไม่คำนึงถึงความปกติเลย อย่างไรก็ตาม Kyon ก็นั่งข้างเธออย่างต่อเนื่องและในที่สุดก็เริ่มบทสนทนาในหัวข้อต่างๆ การสนทนาของพวกเขามีความถี่และความลึกเพิ่มขึ้นเมื่อเวลาผ่านไป