ในตอนต้นของเรื่อง Kamijou Touma และ Index เป็นพยานในการก่อสร้างลิฟต์อวกาศในวงโคจรโดยเมืองแห่งการศึกษา ในระหว่างปรากฏการณ์นี้ พวกเขาได้พบกับ Meiko Arisa ซึ่งถูกโจมตีโดย Steel Mages จากคริสตจักรแห่งอังกฤษ แรงจูงใจเบื้องหลังความก้าวร้าวของจอมเวทที่มีต่อพลเมืองของเมืองแห่งการศึกษายังไม่ชัดเจน ในที่สุดหน่วยพิเศษของเมืองก็ก้าวเข้ามาเพื่อปกป้องอาริซาและเผชิญหน้ากับความขัดแย้งระหว่างวิทยาศาสตร์และเวทมนตร์ Kamijou และเมืองแห่งการศึกษาได้เริ่มต้นการเดินทางครั้งใหม่แล้ว