ขณะนำฟุยูกิไปยังเมืองลอยน้ำมาชูปิกชูในเปรู พวกเคโรรอสก็บังเอิญพบกับสถานที่โบราณใต้ดินโดยบังเอิญ อย่างไรก็ตาม การค้นพบของพวกเขาถูกขัดจังหวะด้วยการปรากฏตัวอย่างกะทันหันของดาร์คเคโรโระ ผู้ซึ่งประกาศความตั้งใจที่จะยึดครองโลก เคโรโระต่อสู้อย่างกล้าหาญกับดาร์คเคโรโระเพื่อปกป้องเปโคปอน