Shy เติบโตขึ้นมาเล็กน้อยหลังจากต่อสู้กับ 'Amalareik' ที่นำโดย Stigma เด็กชายลึกลับ เมื่อเธอกลับมาที่ญี่ปุ่น เธอได้พบกับหญิงสาวชื่อ ไอ เทนโนจิ ที่หนีออกจากหมู่บ้านนินจาของเธอ ไอบอกอายว่าเธอออกจากหมู่บ้านเพื่อไล่ล่าสมาชิกของ 'อามาลาริก' ขณะเดียวกันก็มีเหตุการณ์เกิดขึ้นที่จู่ๆ โตเกียวก็ถูกลูกบอลสีดำห่อหุ้มและหายตัวไป เหล่าฮีโร่ถูกส่งไปช่วยเหลือโตเกียว