หลายพันปีหลังจากปรากฏการณ์ลึกลับที่เปลี่ยนมนุษยชาติทั้งหมดเป็นหิน เซ็นคุ อิชิงามิ อัจฉริยะด้านวิทยาศาสตร์ ตื่นขึ้นและตั้งใจที่จะสร้างอารยธรรมใหม่ด้วยพลังแห่งวิทยาศาสตร์

หลังจากเอาชนะ ดร. ซีโน และ สแตนลีย์ สไนเดอร์ ในอเมริกา และผ่านการกลับมาเป็นหินครั้งที่สองของโลก เซ็นคุและ อาณาจักรวิทยาศาสตร์ ตอนนี้มุ่งเน้นไปที่เป้าหมายสุดท้าย: ดวงจันทร์!

ความลับของ Why-man ศัตรูปริศนาที่ส่งสัญญาณจากดวงจันทร์ยังคงไม่ถูกเปิดเผย ใครคือ Why-man? ทำไมมนุษยชาติถึงถูกเปลี่ยนเป็นหิน? คำตอบทั้งหมดอยู่บนดวงจันทร์!

ในพาร์ทสุดท้ายนี้ เซ็นคุจะต้องสร้างจรวดและเดินทางสู่อวกาศเพื่อเผชิญหน้ากับความจริงครั้งสุดท้าย พร้อมกับการปรากฏตัวของ ไซ พี่ชายของริวซุย ที่จะเข้ามามีบทบาทสำคัญ

ชะตากรรมของมนุษยชาติทั้งมวลแขวนอยู่บนเส้นด้าย และเซ็นคุจะต้องใช้วิทยาศาสตร์ทุกอย่างที่เขามีเพื่อปกป้องโลก!

นี่คือบทสุดท้ายของ Dr. Stone—การเดินทาง 6 ปีกำลังจะจบลง!