ผู้อำนวยการชิรานุอิเสนอให้คุโระคามิ เมดากะ เข้ามามีส่วนร่วมใน "แผนฟลาสก์" โครงการลับที่มุ่งสร้างอัจฉริยะผ่านการทดลองกับเหล่า "แอบนอร์มอล" จากห้อง 13 เพื่อให้เธอทำหน้าที่แทนอุนเซ็นที่กำลังพักฟื้น นำไปสู่การเปิดเผยความจริงเกี่ยวกับตัวตนที่ผิดธรรมชาติของเหล่านักเรียนในโครงการนี้