ในปี 1999 อุกกาบาตขนาดมหึมาพุ่งชนโลก ส่งผลให้มีกลุ่มสิ่งมีชีวิตนอกโลกที่เรียกว่าหนอนมาด้วย เวิร์มเหล่านี้สามารถสันนิษฐานถึงตัวตนของมนุษย์และกำจัดพวกมันได้ เพื่อตอบสนองต่อภัยคุกคามครั้งใหม่นี้ ZECT จึงได้ก่อตั้งขึ้น ซึ่งจากนั้นได้สร้างระบบ Masked Rider เพื่อต่อสู้กับหนอน สงครามดำเนินไปเป็นเวลากว่าเจ็ดปี ทำให้ทรัพยากรของโลกหมดสิ้นและทิ้งให้กลายเป็นพื้นที่รกร้าง ในการแย่งชิงอำนาจในปัจจุบันภายใน ZECT ฝ่ายใหม่ได้ถูกสร้างขึ้น Neo-ZECT ซึ่งรวมถึง Hidenori Oda, Daisuke Kazama และ Shura Hokuto