ในช่วงปี พ.ศ. 2542 อุกกาบาตได้พุ่งชนโลกในย่านชิบุยะในกรุงโตเกียว กลุ่มมนุษย์ต่างดาวที่รับผิดชอบในการค้นพบวัตถุเหล่านี้ได้ให้ชื่อเล่นว่า "หนอน"
ความสามารถของเวิร์มนั้นทั้งน่ากลัวและเอาแน่เอานอนไม่ได้ เป้าหมายสูงสุดของพวกเขาคือการแทนที่มนุษย์และยึดครองโลก และพวกเขาก็ทำได้โดยการเลียนแบบมนุษย์ที่พวกเขาเจอ เมื่อพวกเขาคัดลอกมนุษย์แล้ว พวกเขาจะกำจัดต้นฉบับและปลอมแปลงเป็นบุคคลนั้นต่อไป
เมื่อค้นพบความเคลื่อนไหวของหนอน องค์กรจึงลงมือดำเนินการ ในการตอบสนอง บุคคลหนึ่งได้คิดค้นระบบที่มีจุดประสงค์เพื่อต่อสู้และกำจัดภัยคุกคามจากเวิร์ม ระบบนี้มีชื่อว่า "ระบบมาสค์ไรเดอร์"
ท่ามกลางความขัดแย้งระหว่างหนอนของเท็นและเท็น คากามิ อาราตะ ชายหนุ่มผู้ถ่อมตัว ได้พบกับ เทนโด โซจิ ชายหนุ่มลึกลับที่มาพร้อมกับภาคคาบูโตะ เมื่อพวกเขาเข้าร่วมการต่อสู้ การเดินทางของคากามิและเทนโดทำให้พวกเขาค้นพบความลับอันลึกลับของหนอนและอดีตที่คลุมเครือของมัน พวกเขาถูกบังคับให้ต่อสู้เพื่อความยุติธรรมและมุ่งมั่นที่จะนำสันติภาพมาสู่โลกก่อนที่จะสายเกินไป