คุโดะ ชินิจิเป็นนักเรียนมัธยมปลายวัย 17 ปีที่เป็นนักสืบเหมือนกัน เขาหลงรักโมริ รัน ลูกสาวของโมริ โคโกโระ ซึ่งเขามักจะถูกเรียกให้มาช่วย ในระหว่างการสอบสวนการเจรจาของชายชุดดำ ชินิจิซึ่งต่อมาได้รับการขนานนามว่าเป็น "นักสืบยอดเยี่ยมแห่งปีของเฮเซ" ถูกชายชุดดำอีกคนโจมตีโดยที่เขาไม่รู้ตัว ผู้กระทำผิดถูกจับและได้รับยาพิษที่ผลิตภายในองค์กรของตน อย่างไรก็ตาม พิษดังกล่าวทำให้ชินอิจิตัวหดตัวลงจนเหลือขนาดเท่ากับเด็กอายุ 7 ขวบ ทำให้เขาต้องใช้นามแฝงว่าเอโดกาวะ โคนัน ด้วยความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ โคนันยังคงสืบสวนชายชุดดำต่อไปและค้นหายาแก้พิษในขณะที่อาศัยอยู่กับเพื่อนสมัยเด็กของเขา รัน ที่สำนักงานนักสืบโมริ ซึ่งโคโกโระ พ่อของเธอทำงานเป็นนักสืบเอกชน แม้ว่าจะไม่น่าเชื่อถือ แต่โคโกโร่ก็ยังต้องการความช่วยเหลืออยู่ตลอดเวลา ซึ่งเป็นบทบาทที่โคนันเติมเต็มโดยใช้สิ่งประดิษฐ์ของดร.อากาสะ เพื่อช่วยให้โคโกโร่มีชื่อเสียงในทางลบ เพื่อที่จะตามหาชายชุดดำ ชินิจิซึ่งขณะนี้อยู่ในร่างของเด็ก จะต้องลงทะเบียนในโรงเรียนประถมศึกษาเทตันและเข้าเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 อีกครั้ง นอกจากเพื่อนร่วมชั้น Yoshida Ayumi, Mitsuhiko Tsuburaya และ Kojima Genta แล้ว พวกเขายังได้จัดตั้งกลุ่มนักสืบรุ่นเยาว์เพื่อช่วยในการค้นหาชายชุดดำและการรักษาอาการของ Shinichi ในระหว่างการสืบสวน พวกเขาได้พบกับคดีและบุคคลสำคัญต่างๆ โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับชายชุดดำ เช่น มิยาโนะ อาเคมิ หนึ่งในสมาชิกคนสุดท้ายขององค์กรชุดดำ และมิยาโนะ ชิโฮะ หรือ ไฮบาระ ไอ อดีตสมาชิกของกลุ่มชุดดำ องค์กรที่บังเอิญเป็นนักวิทยาศาสตร์ที่รับผิดชอบในการสร้างยา APTX4869 ซึ่งทำให้โคแนนอยู่ในสภาพปัจจุบัน แม้จะมีธรรมชาติที่ดำเนินมายาวนาน แต่เรื่องราวของนักสืบโคนันก็ค่อยๆ ดำเนินไป โดยสำรวจความสัมพันธ์ คดี และความรักระหว่างตัวละคร รวมถึงองค์กรชุดดำลึกลับ ณ ตอนนี้ยังไม่ทราบตอนจบของเรื่อง