เป็นเวลาสองปีเต็มแล้วนับตั้งแต่การรุกรานสถานีกลางโอเอโดะโดยเทนโดชู ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา สมาชิกของ Yorozuya ก็ยุบวงไป เพื่อเตรียมพร้อมสำหรับการปรากฏตัวอีกครั้งอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้ของอุสึโระ จินโทกิ ซากาตะได้ดำเนินการสำรวจเส้นเลย์ของโลกเพื่อค้นหาสัญญาณที่เหลืออยู่ของอัลทาน่าที่เป็นของศัตรูของเขา หลังจากบังเอิญพบกับเศษเท็นโดชูที่ยังคงมุ่งมั่นที่จะได้รับชีวิตนิรันดร์ จินโทกิก็กลับมาที่เอโดะ

หลังจากการรวมกลุ่มใหม่ ชินเซ็นกุมิและโยโรซึยะก็เริ่มโจมตีอาคารผู้โดยสารกลางที่อยู่ภายใต้การยึดครอง ขณะที่ซากเรือของ Tendoshuu ซึ่งตกอยู่ในอันตรายจากการระเบิดและเก็บเกี่ยว Altana ความปลอดภัยของเอโดะและโลกทั้งโลกก็แขวนอยู่บนความสมดุล โยโรซึยะและสหายของพวกเขาต่อสู้กับศัตรูในความพยายามครั้งสุดท้ายเพื่อปกป้องอนาคตของพวกเขา ในขณะเดียวกัน อดีตลูกศิษย์ของ Shouyou Yoshida ก็ร่วมกันไตร่ตรองถึงอดีตที่พวกเขามีร่วมกัน โดยหวังว่าจะมีวันพรุ่งนี้ที่สดใสยิ่งขึ้น