เมื่อความสงบสุขของโลกเวสโตรย่าถูกทำลายโดยกลุ่มผู้รุกรานที่ชื่อว่า "เฮ็กซ์" ดราโก้ซึ่งดำรงตำแหน่งเป็นศูนย์กลางของโลกจึงต้องตัดสินใจแยกพลังของตนเพื่อคืนร่างเดิมและกลับมาต่อสู้ร่วมกับดันและมารุโชอีกครั้ง เพื่อช่วยเหลือเหล่าบาคุแกนที่ถูกชิงไปและปกป้องโลกใบใหม่นี้จากการครอบงำ