บลูเมอร์เมดเป็นหญิงสาวผู้รักและเคารพทะเลอย่างลึกซึ้ง สำหรับเด็กสาวหลายคนที่มีความหลงใหลและความหลงใหลในท้องทะเลเหมือนกัน การเป็นนางเงือกสีน้ำเงินคือความฝันที่เป็นจริง เพื่อทำให้ความฝันนั้นเป็นจริง พวกเขาต้องผ่านการทดสอบอันเข้มงวดของโรงเรียนการเดินเรือสตรีโยโกสุกะ และผ่านการฝึกอบรมอย่างเข้มข้น ในระหว่างการฝึกครั้งแรก พวกเขาจะถูกแบ่งออกเป็นเรือแยกกันตามระดับทักษะของพวกเขา และ Misaki Akeno ได้รับเลือกให้เป็นผู้นำลูกเรือของเรือพิฆาต Harekaze เรือลำนี้ควบคุมโดยลูกเรือทั้งหมด 30 คน ซึ่งแต่ละคนมีความรับผิดชอบและความเชี่ยวชาญเฉพาะตัวเป็นของตัวเอง อย่างไรก็ตาม การเดินทางของพวกเขากลับพลิกผันอย่างไม่คาดคิดเมื่อพวกเขามาถึงจุดนัดพบช้าโดยไม่ทราบสาเหตุ และจู่ๆ ก็ถูกโจมตีโดยเรือของผู้สอนคุรุโช ที่ชื่อซารุชิมะ แม้จะตอบโต้ด้วยการป้องกันตัว แต่ลูกเรือกลับถูกกล่าวหาว่าเป็นกบฏ พวกเขาจะสามารถล้างชื่อและเติมเต็มความฝันในการเป็น Blue Mermaids ได้หรือไม่?