ในปี พ.ศ. 2542 อุกกาบาตลูกหนึ่งได้ตกลงมาจากจักรวาลและตกลงสู่พื้นโลก จุดที่ได้รับผลกระทบคือชิบูย่า โตเกียว สิ่งที่มาพร้อมกับอุกกาบาตนั้นเป็นสิ่งมีชีวิตแปลกประหลาดที่ได้รับการขนานนามว่าเป็น "หนอน" โดยองค์กรนอกโลก
ความสามารถของเวิร์มมีทั้งลางร้ายและไม่แน่นอน เป้าหมายสูงสุดของพวกเขาคือการแทนที่มนุษย์ในฐานะสายพันธุ์ที่โดดเด่นบนโลก ซึ่งพวกเขาพยายามทำให้สำเร็จโดยสวมหน้ากากของมนุษย์ที่พวกเขาพบเจอ แล้วกำจัดสายพันธุ์ดั้งเดิมออกไป
เมื่อทราบถึงความเคลื่อนไหวของหนอน องค์กรจึงลงมือดำเนินการ เพื่อต่อสู้และติดตามหนอนเหล่านี้ ระบบใหม่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ชื่อ "ระบบมาสค์ไรเดอร์" โดยนักประดิษฐ์
ท่ามกลางการต่อสู้ระหว่างเท็นและหนอนของเขา คากามิ อาราตะ ชายหนุ่มผู้ถ่อมตัวได้บังเอิญพบกับเทนโด โซจิ ชายหนุ่มลึกลับที่มาพร้อมกับภาคคาบูโตะ ขณะที่พวกเขาก้าวเข้าสู่การต่อสู้ Do และ Kagami ถูกผลักเข้าสู่โลกแห่งความลึกลับที่ไม่รู้จักเกี่ยวกับหนอนและอดีตที่เป็นความลับของพวกเขา ทั้งสองถูกบังคับให้ต่อสู้เพื่อความยุติธรรมและคืนสันติภาพให้กับโลกก่อนที่จะสายเกินไป