Medaka Box เล่าเรื่องราวของ Medaka เด็กสาวผู้ทรงพลังอย่างน่าทึ่งในโรงเรียน Hanokiwa ที่ขึ้นสู่ตำแหน่งประธานนักเรียน ภายใต้การแนะนำของเธอ มีการจัดตั้งกล่องไว้เพื่อรับเรื่องร้องเรียนตลอดทั้งวัน ทุกวัน ตลอดทั้งปี และเมดากะและทีมสมาชิกสภานักเรียนของเธอก็เตรียมพร้อมที่จะแก้ไขปัญหาดังกล่าวอยู่เสมอ น่าเสียดายที่ในที่สุดพวกเขาก็ถูกผลักดันให้เข้าสู่ความขัดแย้งภายในโรงเรียน ซึ่งพวกเขาจะต้องเข้าร่วมการต่อสู้