ฟูโตะ เมืองที่ตั้งอยู่ในประเทศญี่ปุ่น ได้รับสมญานามว่า "เมืองแห่งสายลม" เนื่องจากมีลมพัดสม่ำเสมอตลอดทั้งปี และมีกังหันลมกระจายอยู่ทั่วบริเวณ น่าเสียดายที่เมือง Futo เต็มไปด้วยกิจกรรมทางอาญาต่างๆ ที่สามารถสืบย้อนไปถึงผลงานของ Dopants สิ่งมีชีวิตแปลกประหลาดที่สร้างขึ้นโดยการเติมเต็มความปรารถนาของมนุษย์โดยใช้ Gaia Memory ครอบครัวโซโนซากิซึ่งเป็นกลุ่มผู้มีอิทธิพลลึกลับอยู่เบื้องหลังการสร้างสารเจือปนเหล่านี้ อย่างไรก็ตาม ชาวเมือง Futo ก็ยังมีความหวังด้วยการถือกำเนิดของ Hidari หรือที่รู้จักในชื่อ Shotaro นักสืบชื่อดัง และ Philip (หรือที่รู้จักกันในชื่อ Sonozaki Raito) ชายหนุ่มผู้มีจิตใจเป็นสารานุกรม พวกเขาคือ Masked Rider Double ซึ่งเป็นพลังอันทรงพลังที่สามารถต่อสู้กับสิ่งเจือปนและเปิดเผยตัวตนที่แท้จริงของตระกูล Sonozaki